Sono molti infatti gli insediamenti umani preistorici appartenenti al periodo paleolitico e neolitico che è possibile trovare nel territorio immediatamente nei pressi di Rodi, tuttavia la fondazione del centro abitato nell’attuale localizzazione è successiva a quel periodo.
L’origine di Rodi Garganico si incrocia con i movimenti espansionistici dei Rodii, popolazione greca che colonizzò la costa intorno al VIII secolo a.C. attratto dal clima mite e dalla rigogliosa vegetazione.
Alcuni personaggi illustri, tra cui Theodor Mommsen, Cellarius, Michelangelo Manicone, accomunano l’origine Rodi Garganico alla cultura dauna. Secondo questa teoria sarebbe stata riedificata sulle rovine di Uria, mitica cittadina garganica distrutta dopo le guerre puniche. Di diversa opinione Michelangelo De Grazia, che parla di Uria e Rodi Garganico come paesi esistiti contemporaneamente.
Gli storici identificano il porto di Rodi Garganico con il Portus Garnae, menzionato da Plinio. Fino agli inizi del secolo scorso, era possibile vedere i ruderi del vecchio porto.
In seguito alla caduta di Roma, per Rodi Garganico ebbe inizio un periodo turbolento; distrutta dai Goti nel 485 d.C., fu ricostruita nel 553 successivamente alla guerra greco-gorica e successivamente, attaccata dai Saraceni nell’anno 950.
Nel 1461 fu occupata dagli Aragonesi, come la vicina Carpino, infatti nel 1446 Rodi Garganico risulvata essere feudo di Alfonso V d’Aragona.
Dal XVI secolo, grazie alla ricchezza interna costituita dagli agrumeti, la cittadina conobbe un nuovo periodo d’oro.
La popolazione rodiana è sempre stata molto religiosa. La protezione offerta dai santi veniva considerata fondamentale per la riuscita delle attività agricole: San Valentino era uno dei santi più venerati dai rodiani, in quanto protettore degli agrumeti.
Gioacchino Murat soggiornò nella “Torretta del Re”, nel 1815, tra la seconda caduta di Napoleone e il proclama di Rimini.
Durante il ventennio fascista ebbe un periodo di sviluppo grazie anche alla ferrovia garganica, dopo la seconda guerra mondiale però a causa sella situazione politica internazionale, la sua economia subì un arresto, non potendo più commerciare con le coste dalmate.
Ad oggi l’economia locale verte soprattutto sul turismo, anche se prosegue l’opera di valorizzazione della produzione agrumaria, dei principali prodotti agricoli e della gastronomia locale.
Da evidenziare la costruzione del nuovo porto turistico di Rodi Garganico, che ha dato lustro alla cittadina e al territorio circostante nel sistema turistico del Mediterraneo.